Se trata de un recurso que es necesario para poder desbloquear algunos archivos en el juego y el progreso de las distintas historias de los personajes, siendo necesario un determinado número de archivo los que haya por desbloquear, para ello iremos al modo análisis y veremos lo que hasta el momento se encuentre desbloqueado, los que se encuentren en rojo es posible de desbloquear con los puntos misteriosos al apretar el X, por lo tanto para entender todo lo que está relacionado con el juego la clave está en saber Cómo obtener puntos misteriosos y en el contenido siguiente están las respuestas, veamos que nos trae entonces.
Existen 2 opciones a considerar para poder obtener los puntos misteriosos, una es al despejar la misión de combate y la otra al actualizar el terminal meta sistema, para la primera posibilidad tenemos que por cada combate que logremos despejar conseguiremos un punto misterioso, pero también con la actualización del Meta-Sistema en el menú de la preparación del combate, es posible apretar el triángulo que nos va a llevar a la pantalla de las habilidades, pasaremos a las actualizaciones al después apretar el L1 o R1, los meta-chips nos permiten que este sistema lo vayamos actualizando, lo que nos permite obtener también un punto misterioso en cada ocasión que se haga una mejora.