Existe a possibilidade de se chegar a um final secreto neste jogo, sendo necessário que no nível final onde aparece a via linear façamos a escolha necessária para a desbloquear, isto é possível ao atingir o objetivo, agora se efetuarmos uma alteração na percurso veremos que isso determina uma cena diferente, mais escura antes do aparecimento dos créditos, então é ideal que você entenda como chegar ao final secreto e é o que será explicado a seguir.
O objetivo final chama-se Arthur Edwards, uma vez que o encontremos no vagão,
é necessário que retiremos do solo uma pasta de soro, aguardando alguns segundos, 30 para ser mais preciso, até que nos indiquem a sua existência Das dúvidas, o próximo passo é injetar o soro, que resulta no desmaio de 47, vendo assim um final diferente em que nosso personagem se torna uma máquina assassina que trabalha pela providência, desbloqueando por sua vez uma conquista chamada um novo pai, agora em o final normal chega quando matamos Edwards ou injetamos o soro nele, terminamos a missão e vemos um final feliz para 47, onde ele se encontra com Diana, então o final secreto tem sua chave em nos injetar soro em vez de Edwards.