Esta es una tarea interesante pues aquí nos conseguimos ante la posibilidad de hacer que las luchas contra los jefes no se vuelvan rutinarias, que puedan darse de modos distintos donde nos pongan s prueba nuestras capacidades y habilidades, ya que particularmente cada personaje cuenta con algunas específicas.
Este es sencillamente un encuentro interesante, aquí es vital entender que debemos concentrarnos en golpear o disparar las armas con el objeto de conseguir que estas puedan reducir el HP, claro esto no significa que sea una tarea sencilla, pues aquí veremos una trampa que está protegiendo la nave para ello es necesario destruir los Generadores de Escudo que se encuentran protegiéndola, pues esta nave es un avión especializado por MODOK para derribar superhéroes y ello nos coloca en una misión realmente atractiva.
Esta misión de vencer al buque de guerra se da en la fase final, para ello es importante hacer una buena elección del personaje con el cual es posible jugar, así que en este sentido es necesario enfocarnos en Iron Man o Thor, debemos asegurarnos de evitar los ataques a toda costa porque estos pudieran ser fatales.