Existe la posibilidad de conseguir en esta juego un final secreto, siendo necesario que en el nivel final donde aparece el ferrocarril lineal hagamos la elección necesaria para desbloquearlo, esto es posible al alcanzar el objetivo, ahora si hacemos un cambio en la ruta veremos que esto determinara una escena distintas, más oscura previamente a la aparición de los créditos, entonces es ideal que se entienda Cómo conseguir el final secreto y es lo que se explicara a continuación.
El objetivo final se llama Arthur Edwards, una vez que lo encontramos en el vagón de tren, es necesario que del suelo agarremos un suero de maletín, teniendo una espera de algunos segundos, 30 para ser precisos, hasta que se nos pregunta de la existencia de dudas, lo siguiente es inyectarnos el suero, el cual tiene como resultado el desmayo de 47, viendo entonces así un final distinto en el que nuestro personaje se convierte en una máquina asesina que trabaja para la providencia, desbloqueándose a su vez un logro llamado un nuevo padre, ahora en el final normal se llega una vez que matamos a Edwards o le inyectamos el suero, terminamos la misión y vemos un final feliz para 47, donde este se reúne con Diana, entonces el final secreto tiene su clave en inyectarnos el suero nosotros en lugar de Edwards.